Im 16. Jh. wurde das südliche Kantō-Gebiet von mehreren aufeinanderfolgenden Generationen der Familie Hōjō beherrscht. Während das japanische »Zeitalter der kämpfenden Reiche« (Senjoku-jidai) im ganzen Land seinem Höhepunkt zustrebte, gab es im Osten lange ein Patt zwischen den rivalisierenden Fürstenhäusern Hōjō, Uesugi, Takeda und Imagawa. Solche regionalen Fürsten, daimyō, regierten ihre Territorien faktisch unabhängig von Kaiser und Shōgun, deren tatsächlicher Machtbereich kaum noch über die Hauptstadt Kyōto hinausreichte. Schon um das eigene Gebiet zu schützen waren viele jederzeit zum Angriff auf Nachbarn bereit und die Großen fraßen die Kleinen. Als sich ab 1543 die von einigen gestrandeten Portugiesen vorgestellten Feuerwaffen in Japan verbreiteten, beschleunigte sich der Prozess des Fressens und Gefressen-Werdens: Diejenigen Fürsten, die genug Mittel hatten, sich die neue Waffengattung und vor allem das knappe Schießpulver leisten zu können, schalteten immer mehr Rivalen aus und vergrößerten den eigenen Machtbereich, was wiederum ihre Ressourcen vermehrte.
Die Hōjō gehörten dabei zu den größten Fischen im Haifischbecken und wahrten ihre Unabhängigkeit bis 1590. Sie hatten nicht das altehrwürdige Kamakura, sondern das ca. 80 km westlich von Edo/Tōkyō liegende Odawara zu ihrer Residenz und wichtigsten Burgstadt erwählt. Ihr mehrere Provinzen des Kantō umfassendes Territorium sicherten sie durch ein Netzwerk von Nebenburgen, die wiederum eigene Netzwerke mit Satellitenforts und Grenzposten hatten. Edo war eine solche Nebenburg mit eigenem Netzwerk, gehalten von lokalen Vasallen der Hōjō. Augenscheinlich entwickelte sich die Stadt Edo nicht weiter in dieser Zeit, aber der Burg verblieb eine gewisse Bedeutung bei der Sicherung und Verwaltung eines Teils des Hōjō-Landes.
Die Hōjō waren eher nur entfernte Zuschauer, als ein relativ unbedeutender Daimyō namens Oda Nobunaga (1534 – 1582) sich von seiner Heimatprovinz Owari (das Gebiet um die heutige Großstadt Nagoya) aus aufmachte, eine Provinz nach der anderen in Zentral- und Westjapan zu erobern. 1573 setzte Oda Nobunaga in Kyōto den 15. und letzten Shōgun aus dem Hause Ashikaga ab, wonach dieses Amt 30 Jahre lang unbesetzt blieb. Nach Nobunagas dramatischer Ermordung durch einen unzufriedenen Untergebenen 1582 führte ein anderer vormaliger General des Nobunaga die gewaltsame Landeseinigung fort, Toyotomi Hideyoshi (1536 o. 1537 – 1598). Nach der Eroberung und Umgestaltung von Zentral- und Westjapan fielen 1585 Shikoku und 1587 Kyūshū im Süden. Die Hōjō verpassten den richtigen Zeitpunkt, sich Hideyoshi formell zu unterwerfen und so wenigstens einen Teil ihrer Herrschaft zu retten. Hideyoshis gewaltige Militärmaschinerie setzte sich 1590 mit über 200.000 Mann nach Osten in Bewegung. Burg um Burg fiel. Odawara selbst war zu schwach, die Angreifer zur Feldschlacht zu stellen, aber doch zu zahlreich bemannt, um alle Eingeschlossenen lange genug ernähren zu können. So endete die Zeit der Hōjō mit der Kapitulation und dem erzwungenem Selbstmord des regierenden Fürsten.
Das Jahr 1590 kann auch als das folgenreichste in der bisherigen Stadtgeschichte von Edo angesehen werden, denn am 1. Tag des 8. Monats nach dem alten Mondkalender, also zur Mitte des Herbstes, nahm Fürst Tokugawa Ieyasu (1543 – 1616) offiziell Besitz von seinem neuen Lehen, zu dem die Burg Edo gehörte. Ieyasu tauschte auf Wunsch des Hegemons Toyotomi Hideyoshi seine eigenen, weiter westlich entlang der Tōkaidō-Straße gelegenen fünf Provinzen, darunter sein Stammland Mikawa, gegen die acht Provinzen des Kantō ein. Diese waren: Musashi (heute Tōkyō und die Präfektur Saitama), Sagami (Präfektur Kanagawa), Awa (Chiba), Kazusa (Chiba), Shimōsa (Chiba und Ibaraki), Hitachi (Ibaraki), Kōzuke (Gunma) und Shimotsuke (Tochigi).
Die ganze Region war immer noch weniger entwickelt als der Westen, vor allem aber weit entfernt von Kyōto und Ōsaka, der Hauptburg der Toyotomi. Hideyoshi wollte damit den zweitmächtigsten Mann des Landes und potenziellen Rivalen Tokugawa Ieyasu geografisch von sich entfernen und ihn gleichzeitig auf Jahre hinaus mit Aufbau- und Entwicklungsarbeit beschäftigen. Hätte er gewusst, dass Ieyasu nach Hideyoshis Tod 1598 von seiner neuen Machtbasis Edo aus den Weg zum Alleinherrscher antreten und Hideyoshis Erben 1615 endgültig ausschalten würde, hätte er ihn wohl kaum 1590 als neuen Herrn dort einziehen lassen. Natürlich erkannte Ieyasu Edos strategischen Wert sofort. Er wählte den kleinen Ort mit seiner heruntergekommenen Burg statt des alten Kamakura oder Odawara als Hauptstadt, um völlig neu und in grandiosem Maßstab anfangen zu können. Sein bisheriges Leben hatte ihn vieles gelehrt, das er nun umsetzte.
Genauso wenig wie bei Oda Nobunaga und Toyotomi Hideyoshi war in Ieyasus frühen Lebensjahren abzusehen gewesen, dass er einer der »Drei Reichseiniger« Japans werden und seiner Familie die Herrschaft auf 250 Jahre hinaus sichern würde. Zwar war Ieyasu von adliger Abkunft, seine Anfänge waren aber bescheiden. Das kleine Territorium seines Vaters drohte zwischen den Oda und den Imagawa aufgerieben zu werden, und der Hinwendung zu den Imagawa begegneten die Oda 1548 mit der Entführung des sechsjährigen Ieyasu, den sie mit der Exekution bedrohten, falls sein Vater nicht von den Imagawa zu den Oda wechselte. Dieser erwiderte, der Tod seines Sohns würde nur die Ernsthaftigkeit seines Pakts mit den Imagawa unterstreichen. Ieyasu kam drei Jahre später von den Oda los und verbrachte sein 9. bis 15. Lebensjahr als Geisel der Imagawa in deren Hauptstadt Sumpu, die ihm eine standesgemäße Erziehung angedeihen ließen. Tatsächlich schlug der junge Ieyasu von 1555 bis 1560 mehrere Schlachten für die Imagawa, bevor er nach deren Debakel bei Okehazama 1560 Verbündeter, nicht Vasall, des Siegers Oda Nobunaga wurde.
Es verging kaum ein Jahr, das die beiden nicht auf dem Schlachtfeld sah, und im Schatten des Nobunaga wuchs auch die Macht des Juniorpartners Tokugawa Ieyasu. Für dessen eiserne Entschlossenheit, sich und sein Haus nach oben zu bringen und dort zu halten, spricht auch seine Entscheidung 1579, auf Oda Nobunagas Verlangen hin seine eigene, vielleicht zu Unrecht der Konspiration mit dem Feind bezichtigte Frau sowie seinen ersten Sohn Nobuyasu hinrichten zu lassen.
Toyotomi Hideyoshi als neue Nummer eins ab 1582 zu respektieren, fiel Ieyasu allerdings deutlich schwerer und nach einem unentschiedenen Waffengang 1584, bei dem die kleinere Armee des Ieyasu der größeren des Hideyoshi erfolgreich getrotzt hatte, konzentrierte sich Ieyasu auf den Ausbau seiner eigenen Gebiete. Vielleicht war es den Jahren als Geisel in seiner Jugend zu verdanken, dass Ieyasu warten konnte. Die japanische historische Erinnerung konfrontiert die drei Reichseiniger gern mit der Frage »Was tun, wenn ein Vogel nicht singen will?« Der erste, Nobunaga, würde befehlen, den Vogel zu töten. Hideyoshi, der zweite, würde versuchen, den Vogel zum Singen zu überreden, während Ieyasu, der Dritte, einfach abwarten würde. Noch plastischer ist das Bild der drei, wie Nobunaga mühevoll Reis zur Herstellung der Süßigkeit mochi zu Brei schlägt, Hideyoshi ihn gründlich durchknetet und Ieyasu die fertige Süßigkeit schließlich genüsslich verspeist.
1590 lieh Tokugawa Ieyasu dem inzwischen weiter erstarkten Hideyoshi seinen Arm während des Odawara-Feldzugs gegen die Hōjō und vollzog danach den Wechsel nach Edo. Zu Hideyoshis verschwenderischen und letztlich erfolglosen Feldzügen gegen Korea 1592 – 1598 steuerte Ieyasu kaum etwas bei, sondern trieb den Landesausbau im Osten zielstrebig voran. Als der alternde Potentat Hideyoshi 1598 verstarb, als sein Sohn gerade fünf Jahre alt war, wurde Tokugawa Ieyasu zum mächtigsten Mann im Fünferrat, der die Geschicke des Landes für das Kind lenken sollte. Keiner seiner Gegner glaubte, dass Ieyasu wirklich einen weiteren Toyotomi an der Macht sehen wollte, und sie hatten Recht. Die Spannungen entluden sich 1600 im Feldzug von Sekigahara, bei dem Ieyasus hauptsächlich aus dem Osten stammende Armee die im Namen der Toyotomi kämpfende West-Armee zerschlug.
Tokugawa Ieyasu ergriff im Herbst 1590 Besitz von Edo und begann den Ausbau zu seiner neuen Hauptstadt. Die Burg war in schlechtem Bauzustand und zu klein, es war eine komplette Neuplanung vonnöten. Genau wie bei der Hauptstadt Kyōto waren die geomantischen Voraussetzungen günstig. Wie erforderlich gab es im Osten einen Fluss, im Süden die See, im Westen eine große Straße (die Tōkaidō) sowie im Norden Berge. Das geomantisch bedeutende Problem der spirituellen Sicherung der gefährlichen Nordostecke lösten Ieyasus Nachfolger durch den Bau des Kan’ei-ji-Tempels auf dem Hügel von Ueno (s. Die großen Tempel von Edo – Tenkai, S. 78). Zwar gab es in der Bucht von Edo keine Möglichkeit einen großen Hafen zu erbauen, aber die zahlreichen in sie mündenden Flüsse und Kanäle erlaubten es, an ihnen entlang Anlege- und Umschlagplätze sowie reihenweise Lagerhäuser zu errichten. Die Flüsse von den nördlichen Bergen sicherten die Trinkwasserversorgung, auf der weiten Musashi-Ebene konnten die zur Versorgung von Edo nötigen Lebensmittel erzeugt werden. Verfeinerte Produkte, vor allem Sake, sowie Baumaterialien konnten per Schiff aus dem Westen, besonders aus Ōsaka, herangebracht werden. Ieyasu ernannte zügig Verantwortliche für den Bau und die Bauaufsicht, ließ alles vermessen und die Arbeiten am Kanalsystem von Edo beginnen. Zuerst wurde der Dōsanbori-Kanal zwischen dem Hirakawa-Fluss und dem Haupttor der Burg, dem Ōte-mon, angelegt. Für eine leistungsfähige Trinkwasserversorgung sorgten der Tameike-Teich und die Wasserwerke von Kanda Jōsui. Gleichzeitig entstanden Straßen, Brücken und weitere Kanäle, wobei die Infrastruktur von Anfang an auf Wachstum ausgelegt war. So wurden für herbeiströmende bürgerliche Zuwanderer große Blocks von gut 120 × 120 Metern mit zweistöckigen Häusern nach dem Vorbild von Kyōto angelegt. Die Straßen waren bis zu 18,2 Meter breit, was schon damals zu Diskussionen im Handel führte, ob die große Breite nicht eher vom Shoppen abhalten, als es fördern würde.
Ieyasu war in seinen Entscheidungen von zwei gegensätzlichen Prinzipien geprägt: Einerseits hatte er stets pragmatisch und flexibel agiert und sich rechtzeitig Neuem geöffnet. Dies war in den Turbulenzen des 16. Jhs. notwendig gewesen, um seinem Haus das Überleben zu sichern. In den Jahren ab 1600 stand Tokugawa Ieyasu dann als der mächtigste der Fürsten Japans ganz oben, 1603 wurde er Shōgun und damit der offiziell vom (machtlosen) Kaiser mit der Führung des Landes Beauftragte. Es ging nun nicht mehr darum, die Macht zu erringen, sondern sie zu sichern. Dies tat er mit konservativen Mitteln, um gesellschaftliche Umstürze und den schnellen Aufstieg potenzieller Rivalen zu verhindern. Von nun an sollte jeder in der Gesellschaft seinen Platz kennen und dort verbleiben. Die Teilung der damaligen Gesellschaft in Adel (Samurai), Bauern, Bürgerliche (Kaufleute und Handwerker) sowie Geistliche (Buddhisten und Shintō-Priester) spiegelte sich deutlich in der Zuweisung von Siedlungsbereichen in der Stadt Edo wider. Ieyasus alte Gefolgsleute errichteten ihre Anwesen an strategisch wichtigen Stellen, wie vor dem Haupttor der Burg oder an Flussufern. Andere Samurai ließen sich im Norden und Westen nieder, wo es hügeliger war. Bis heute hat sich die grobe Unterteilung von Edo/Tōkyō in die Bereiche »Yamanote« und »Shitamachi«, erhalten.
Yamanote bezeichnet die etwas erhöht liegenden Viertel vorwiegend im Westen, während sich die »Untere Stadt«, das bürgerliche Shitamachi, im Osten zur Bucht hin erstreckt. Beide sind durch eine Nord-Süd-Linie etwa von Ueno bis Meguro abgegrenzt, aber wegen des hügeligen Terrains gab es von Anfang an auch kleinere Shitamachi-Viertel mitten im Yamanote-Gebiet. Die bürgerlichen Viertel von Shitamachi entstanden im zentralen und südöstlichen Stadtgebiet, bevorzugt an Brücken, Kanälen und an der Bucht. Das zentrale Viertel Honchō lag östlich der Tokiwa-Brücke und differenzierte sich schnell nach Funktionen, etwa in Blöcke für die Holzversorger, andere für die Menschen im Wassertransport-Gewerbe und auch in Märkte. Die Bürgerlichen errichteten an den vier Seiten ihrer Wohnblocks ihre Stadthäuser (machiya), die typischerweise sowohl dem Wohnen als auch dem Erzeugen und Verkaufen von Waren dienten. Auf der Innenseite der Blocks standen Nebengebäude und geschützte Lagerhäuser, ganz in der Mitte des Blocks dann ein kommunaler Bereich mit Latrinen und einem Müllsammelplatz. Tempel und Schreine bekamen oft Areale zugewiesen, die an Hauptstraßen lagen, also gut zu erreichen waren. Diese Areale waren teilweise so groß, dass auch nach der Bebauung Freiflächen übrig blieben, welche die Funktionen zentraler Plätze in europäischen Städten übernehmen konnten, also zum Handel, zu Versammlungen und nicht zuletzt als Rückzugsraum bei Naturkatastrophen dienten. Tagsüber gab es relativ freie Bewegungsmöglichkeiten, nachts aber wurden die Aus- und Zugänge zu den Bürgervierteln geschlossen.
Nach und nach begann ein dichtes Netz von Kanälen die Stadt zu durchziehen. Nach einigen Jahren ging man vom rasterförmigen Stadtplan ab und ordnete alle Viertel spiralförmig an, ausgehend vom Herzen Edos, der gewaltigen Burg. Die Spirale und das Kanalsystem konnten sich immer weiter nach außen entwickeln und die Stadt immer weiter wachsen lassen, selbst in die Bucht von Edo/Tōkyō hinein, wo Landauffüllungsprojekte bis heute immer wieder Neuland schaffen.
Die Burg war das zentrale Element der Stadt, von der aus Shōgun Tokugawa Ieyasu und seine Nachfolger Stadt und Land beherrschten. Ieyasu hätte sich wohl auch für Kyōto als Amtssitz entscheiden können, hielt aber an seiner im Entstehen begriffenen eigenen Hauptstadt fest. Hier lag seine Burg, nicht der Kaiserpalast, im Mittelpunkt, alles richtete sich nach ihr und ihrem ranghöchsten Bewohner aus. Die Viertel der anderen Gruppen der Stadtbewohner lagen um die Burg herum angeordnet, wobei die vielen Kanäle und Gräben primär Teile des Sicherheitssystems der Burg, und erst in zweiter Linie Transportadern für die Wirtschaft waren. Wo ein Brückenbau die Sicherheit der Burg geschwächt hätte, unterblieb er und die Bürger mussten mit Fähren übersetzen. Die Betonung des herrschaftlichen Aspekts in der Stadttopographie entspricht dem patriarchalischen Staatsverständnis der Tokugawa. Die Trennung der sozialen Gruppen verdeutlicht die Ideologie, dass ein jeder an seinen Platz gehöre und soziale Mobilität nicht mehr erwünscht sei. Rangunterschiede zwischen den sozialen Gruppen wurden schon durch die Größe des zugewiesenen Platzes sichtbar: Insgesamt 70 % der zunehmend knapper werdenden Stadtfläche war Fürsten und anderen Samurai vorbehalten, 14 % verschiedenen Tempeln und Schreinen und nur 16 % den Bürgern.
So wurden in den Jahren um 1600 bereits die Grundlagen der Stadttopographie gelegt, die Edo prägen sollte, bis es 1868 zu Tōkyō wurde und die Moderne Einzug zu halten begann.
Als Tokugawa Ieyasu am 01. 06. 1616 im Alter von 73 Jahren starb, vermutlich entweder an Magenkrebs oder an den Spätfolgen einer 1615 vor Ōsaka erlittenen Wunde, hatte er alle seine Rivalen besiegt und überlebt. Bis zur Mitte des 19. Jhs. wagte es niemand die Tokugawa-Shōgune ernsthaft herauszufordern und keine Stadt Japans konnte mit der Hauptstadt Edo gleichziehen, obwohl sich viele Fürsten beim Ausbau ihrer Burgstädte in der Provinz am großen Vorbild Edo orientierten.
Der Fürst (daimyō) Tōdō Takatora war genau wie Toyotomi Hideyoshi und Tokugawa Ieyasu ein Produkt des wilden 16. Jhs. Obwohl nur der Sohn eines einfachen Fußsoldaten, arbeitete sich Takatora im Dienste von nicht weniger als zehn aufeinanderfolgenden Herren nach oben. Seine bewiesene Fähigkeit, zu erkennen, wer der Sieger sein würde, führte ihn vor Sekigahara 1600 in das Lager Tokugawa Ieyasus, der vor allem seine Talente als Festungsarchitekt schätzte. In der zweiten Hälfte des 16. Jhs. hatten Heeresvergrößerungen, Arkebusen und schließlich auch schwere Artillerie die herkömmlichen Anlagen aus Holz und Erde obsolet werden lassen. Man brauchte nun weit größere Festungen mit einem mehrere Kilometer langen äußeren Perimeter, um den inneren Kern der Burg außer Schussweite zu halten. Solche Bauten konnten nur in der Ebene entstehen, wo Wasserwege als Gräben umgeleitet werden konnten. Die Mauern wuchsen und wuchsen und wurden nun zunehmend mit großen Steinen eingekleidet. Viele dieser Mauern haben – auch in Tōkyō – Erdbeben und Luftangriffe bis heute überstanden. In Tōdō Takatoras eigener Burg Iga-Ueno waren die Mauern 28 Meter hoch; der Graben seiner Burg Tsu war 100 Meter breit. Takatora war ein Spezialist, der im Laufe seiner langen Karriere am Bau von rund 20 Festungen beteiligt war. Ieyasu und sein Sohn, der zweite Tokugawa-Shōgun Hidetada, vertrauten ihm nacheinander Edo, später die Tokugawa-Residenz Nijo in Kyōto und ab 1620 den Neubau von Ōsaka an.
Tōdō Takatora kannte die bedeutendsten Steinmetze des Landes und verpflichtete sie; gleichfalls schickten die Fürsten des Landes Fachleute, Helfer, Geld und Baumaterialien, wozu sie als Lehnsleute des Shōgun verpflichtet waren. Alle diese Leute mussten untergebracht und versorgt werden, und die Stadt Edo wuchs weiter. Die Arbeiten waren gigantisch, selbst für einen Meister wie Takatora, denn der Untergrund bestand nicht aus Fels, sondern aus Marschland. Immer wieder fielen fertige Mauersegmente ein und begruben die Arbeiter unter sich. Schließlich kam Fürst Katō Kiyomasa, wie Takatora eine Art lebende Legende der vorangegangen Sengoku-Zeit, auf die rettende Idee: Er ließ Arbeiter große Mengen von Schilf auf dem sumpfigen Untergrund anpflanzen und lud dann immer wieder Kinder ein, auf dem Schilf zu spielen. Nach und nach wurde das Schilf lagenweise niedergetrampelt und bot einen besseren Baugrund für die Mauern. Eine bemerkenswert feinfühlig anmutende Lösung für einen alten Haudegen wie Katō Kiyomasa, der Dichtkunst als verweichlicht abtat und Aussprüche tätigte wie den folgenden: »Die Pflicht des Samurai ist einfach, das Schwert in die Hand zu nehmen und zu sterben«.
Der Bauplan der Burg sah eine spiralförmige Anlage wie bei der Stadt selbst vor. Innen bzw. oben lag der Haupthof mit dem größtem Bergfried-Komplex (daitenshu mit mehreren Nebentürmen), der je in Japan geplant wurde. Der Plan war revolutionär. Der sechsstöckige Hauptturm sollte 44,3 Meter in der Höhe messen und auf einer 20 Meter hohen Basis aus Steinen ruhen. Diese Bergfriede waren die weithin sichtbaren Symbole der Macht ihrer Besitzer, vielleicht vergleichbar mit der Demonstration der göttlichen Macht durch hohe Kirchtürme im mittelalterlichen Europa. Gebaut wurde bis 1622 eine mehr den Friedenszeiten angepasste etwas kleinere Version des Hauptturms, die noch im 17. Jh. einem Feuer zum Opfer fiel, aber die Macht des Shōgun war auch so weithin sichtbar. Inzwischen überlegt man in Tōkyō, den hölzernen Hauptturm zur Olympiade 2020 originalgetreu wieder aufzubauen. Mehrere befestigte, größtenteils erhaltene Höfe, die jeweils die Größe einer eigenen Burganlage hatten, Palastbauten sowie Büros, Unterkünfte, Ställe und Magazine beherbergten, gruppierten sich um den eigentlichen Haupthof herum. Das Gelände war von 16 Kilometern Außenmauer umfasst und hatte 36 befestigte Tore an Kanälen und Gräben. Die Mehrzahl der bürgerlichen Bewohner von Edo konnte nicht hoffen, jemals in ihrem Leben in das Innere der Burg hineinzugelangen.
Erst 1640 wurde unter dem dritten Shōgun Iemitsu, 50 Jahre nach Beginn, der Bau der Burg Edo abgeschlossen. Die meisten Planer und Handwerker der ersten Generation waren gar nicht mehr am Leben. So war Tōdō Takatora 1630 nach weiteren Bauprojekten als wohl dotierter Fürst von Tsu gestorben. Katō Kiyomasa war als Fürst von Kumamoto sogar noch wohlhabender gewesen, aber wie ein Vorbote der kommenden friedlicheren Zeiten war ihm ein Tod auf dem Schlachtfeld nicht vergönnt. Er starb 1611 etwas überraschend nach einer kurzen Krankheit.