Читать книгу: «Koronavirus (Vrasës i padukshëm)»

PJESA E DYTE
Sindromi i rëndë i frymëmarrjes akute Coronavirus 2

––––––––

SINDROMI I RËNDË AKUT i frymëmarrjes koronavirus 2 ( SARS-CoV-2 ), i njohur në mënyrë kolokuese si koronavirus dhe i njohur më parë me emrin provon, koronavirus i romanit 2019 ( 2019-nCoV ), është një virus ARN me një fije pozitive me sens pozitiv .Ai shkakton sëmundje koronavirus 2019 (COVID-19), një sëmundje e frymëmarrjes . SARS-CoV-2 është ngjitëse te njerëzit, dhe Organizata Botërore e Shëndetit (OBSH) ka caktuar pandeminë e vazhdueshme të COVID-19 një Urgjencë të Shëndetit Publik të Brengave Ndërkombëtare . Sforcimi u zbulua për herë të parë në Wuhan , Kinë, kështu që ndonjëherë referohet si "virusi Wuhan" ose "Wuhan coronavirus" .Sepse OBSH dekurajon përdorimin e emrave bazuar në lokacione dhe për të shmangur konfuzionin me sëmundjen SARS , ndonjëherë i referohet SARS-CoV-2 si "virusi COVID-19" në komunikimet e shëndetit publik. Publiku i gjerë shpesh e quan SARS-CoV-2 dhe sëmundjen që ajo shkakton "koronavirus", por shkencëtarët zakonisht përdorin terminologji më të saktë.

––––––––

VIROLOGJI

infeksion

––––––––

TRANSMETIMI H NJERËZOR në njeri i SARS-CoV-2 është konfirmuar gjatë pandemisë koronavirus 2019-20.. Transmisioni ndodh kryesisht përmes pikave të frymëmarrjes nga kollitjet dhe teshtitjet brenda një game prej rreth 1.8 metrash (6 ft). Kontakti indirekt përmes sipërfaqeve të kontaminuara është një tjetër shkak i mundshëm i infeksionit. Hulumtimet paraprake tregojnë se virusi mund të mbetet i zbatueshëm në plastikë dhe çelik për deri në tre ditë, por nuk mbijeton në karton për më shumë se një ditë ose në bakër për më shumë se katër orë; virusiaktivizohet me sapun, i cili destabilizon bilayerin e tij të lipideve . ^[32]ARN virale gjithashtu është gjetur në mostrat e jashtëqitjes nga njerëz të infektuar.

Shkalla në të cilën virusi është infektiv gjatë periudhës së inkubacionit është e pasigurt, por hulumtimi ka treguar që faringsi arrin ngarkesën e lartë virale afërsisht katër ditë pas infektimit. Më 1 shkurt 2020, Organizata Botërore e Shëndetit (OBSH) tregoi se "transmetimi nga raste asimptomatike ka të ngjarë të mos jetë një shtytës kryesor i transmetimit". Sidoqoftë, një model epidemiologjik i fillimit të shpërthimit në Kinë sugjeroi që "derdhja para-simptomatike mund të jetë tipike në mesin e infeksioneve të dokumentuara" dhe se infeksionet subklinike mund të kenë qenë burimi i një shumice të infeksioneve.

––––––––

TAKSONOMIKISHT , SARS-CoV-2 është një tendosje e koronavirusit të rëndë të lidhur me sindromën respiratore akute (SARSr-CoV). Besohet se ka origjinë zoonotike dhe ka ngjashmëri të ngushtë gjenetike me koronaviruset e lakuriqëve , duke sugjeruar se ajo doli nga një virus i lindur nga shkopi . ^[Një rezervuar i kafshëve të ndërmjetme si pangolina mendohet gjithashtu se është i përfshirë në prezantimin e tij te njerëzit. Virusi tregon pak diversitet gjenetik, duke treguar që ngjarja e spilloverit që prezanton SARS-CoV-2 te njerëzit ka të ngjarë të ketë ndodhur në fund të vitit 2019.

Studimet epidemiologjike vlerësojnë se çdo infeksion rezulton në 1.4 deri 3.9 të reja kur asnjë anëtar i komunitetit nuk është imun dhe nuk merren masa parandaluese . Virusi është përhapur kryesisht midis njerëzve përmes kontaktit të ngushtë dhe përmes pikave të frymëmarrjes të prodhuara nga kollitjet ose teshtitjet. Kryesisht hyn në qelizat njerëzore duke u lidhur me enzimën konvertuese të angiotenzinës 2 të receptorit (ACE2).

rezervuar

––––––––

INFEKSIONET E PARA të njohura nga soji SARS-CoV-2 u zbuluan në Wuhan të Kinës. Burimi origjinal i transmetimit viral te njerëzit mbetet i paqartë, siç ndodh nëse tendosja u bë patogjen para ose pas ngjarjes së derdhjes .Sepse shumë nga individët e parë zbuluar se janë të infektuar nga virusi ishin punëtorë në tregun e detit Huanan , është sugjeruar që soji mund të ketë origjinën nga tregu. Sidoqoftë, hulumtime të tjera tregojnë se vizitorët mund të kenë futur virusin në treg, gjë që më pas lehtësoi zgjerimin e shpejtë të infeksioneve.

Hulumtimi në rezervuarin natyror të sojit të virusit që shkaktoi shpërthimin e SARS 2002-2004 ka rezultuar në zbulimin e shumë koronaviruseve të shkopit të ngjashëm me SARS , shumica me origjinë nga gjini Rhinolophus i lakuriqëve të patkua , dhe dy sekuencave të acidit nukleik viral që gjenden në mostrat e marra nga Rhinolophus sinicus tregojnë një ngjashmëri prej 80% me SARS-CoV-2.A sekuenca e tretë e acidit nukleik viral nga Rhinolophus affinis , e mbledhur në provincën Yunnan dhe e caktuar RaTG13, ka një ngjashmëri 96% me SARS-CoV-2.Bat konsiderohen rezervuari natyror më i mundshëm i SARS-CoV-2, por ndryshimet midis koronavirus-it të shkopit dhe SARS-CoV-2 sugjerojnë që njerëzit ishin infektuar përmes një pritësi të ndërmjetëm.

Një studim metagjenomik i botuar në vitin 2019 zbuloi më parë se SARS-CoV , lloji i virusit që shkakton SARS , ishte koronavirusi më i shpërndarë në mesin e një mostre të pangolins Sunda . ^[50]Më 7 shkurt 2020, u njoftua se studiuesit nga Guangzhou kishin zbuluar një mostër pangoline me një sekuencë të acidit nukleik viral "99% identik" me SARS-CoV-2. ^[51]Kur u lëshua, rezultatet sqaruan se "fusha që e lidh receptorin e proteinës S të Pangolin-CoV të zbuluar rishtazi është praktikisht identik me atë të 2019-nCoV, me një ndryshim aminoacid ". ^[52]Pangolinat mbrohen sipas ligjit kinez, por copëtimi dhe tregtimi i tyre për t'u përdorur në mjekësinë tradicionale kineze mbetet i zakonshëm. ^{[53] [54]}

Mikrobiologët dhe gjenetistët në Teksas kanë gjetur në mënyrë të pavarur dëshmi të rivlerësimit në koronaviruse që sugjerojnë përfshirjen e pangolins në origjinën e SARS-CoV-2. ^[55]Sidoqoftë, koronaviruset e pangolinës të gjetura deri më tani ndajnë më së shumti 92% të gjenomëve të tërë me SARS-CoV-2, duke i bërë ata më pak të ngjashëm sesa RaTG13 me SARS-CoV-2. ^[56]Kjo është e pamjaftueshme për të provuar pangolins të jetë nikoqiri i ndërmjetëm; në krahasim, virusi SARS përgjegjës për shpërthimin 2002–2004 ndau 99.8% të gjenomit të tij me një koronavirus të njohur civet .

LAKURIQËT E KALIT janë ndër rezervuarit natyrorë më të mundshëm të SARS-CoV-2

––––––––

FILOGJENETIKA DHE TAKSONOMIA

SARS-CoV-2 i përket familjes së gjerë të viruseve të njohur si koronaviruse . Kjo është një pozitiv-sens vetme-bllokuara ARN (+ ssRNA) virus. Koronaviruset e tjerë janë të aftë të shkaktojnë sëmundje që fillojnë nga ftohja e zakonshme deri te sëmundjet më të rënda siç është sindroma e frymëmarrjes e Lindjes së Mesme (MERS). Corshtë koronavirusi i shtatë i njohur që infekton njerëzit, pas 229E , NL63 , OC43 , HKU1 , MERS-CoV dhe origjinalit SARS-CoV. ^[57]

Ashtu si soji koronavirus i lidhur me SARS i implikuar në shpërthimin e SARS në 2003, SARS-CoV-2 është një anëtar i subgenusit Sarbecovirus ( linja beta-CoV B). ^{[58] [59]}Sekuenca e tij e ARN- së është afërsisht 30,000 baza në gjatësi.SARS-CoV-2 është unike në mesin e betacoronaviruseve të njohura në përfshirjen e saj të një vendi të ndarjes polbasike, një karakteristikë e njohur për rritjen e patogjenitetit dhe transmetueshmërisë në viruset e tjera. ^{[60] [61]}

Me një numër të mjaftueshëm të gjenomave sekuenciale , është e mundur të rindërtoni një pemë filogjenetike të historisë së mutacionit të një familje virusesh. Deri më 12 janar 2020, pesë gjenoma të SARS-CoV-2 ishin izoluar nga Wuhan dhe u raportuan nga Qendra Kineze për Kontrollin dhe Parandalimin e Sëmundjeve (CCDC) dhe institucione të tjera; ^[62]numri i gjenomave u rrit në 42 me 30 Janar 2020. ^[63]Një analizë filogjenetike e atyre mostrave tregoi se ato ishin "shumë të lidhura me të paktën shtatë mutacione në lidhje me një paraardhës të zakonshëm ", duke nënkuptuar që infeksioni i parë njerëzor ka ndodhur në Nëntor ose Dhjetor 2019. ^[63]Që nga 27 Mars 2020, 1,495 gjenome SARS-CoV-2 të ekzaminuara në gjashtë kontinente ishin në dispozicion të publikut. ^[64]

Më 11 shkurt 2020, Komiteti Ndërkombëtar për Taksonominë e Viruseve (ICTV) njoftoi se sipas rregullave ekzistuese që llogaritin marrëdhëniet hierarkike midis koronaviruseve në bazë të pesë sekuencave të konservuara të acideve nukleike , ndryshimet midis asaj që u quajt atëherë 2019-nCoV dhe tendosja e virusit nga shpërthimi SARS i vitit 2003 ishte i pamjaftueshëm për t'i bërë ato specie virale të veçanta . Prandaj, ata identifikuan 2019-nCoV si një tendosje të koronavirusit të rëndë të sindromës së frymëmarrjes së rëndë të lidhura . ^[2]

Organizimi gjenomik i izolimit Wuhan-Hu-1, mostra më e hershme e sekuencave të SARS-CoV-2
ID e gjenomit NCBI	MN908947
Madhësia e gjenomit	29.903 baza
Viti i përfundimit	2020

––––––––

BIOLOGJIA STRUKTURORE

Eachdo virion SARS-CoV-2 është afërsisht 50–200 nanometra në diametër. Të ngjashme koronaviruset e tjera, SARS-CoV-2 ka katër proteina strukturore, të njohura si S (spike), E (zarf), M (membranë) dhe N ( nukleokapsid ) proteina; proteina N mban gjenomin e ARN-së, dhe proteinat S, E dhe M së bashku krijojnë zarfin viral . ^[65]Proteina e spikes, e cila është pasqyruar në nivelin atomik duke përdorur mikroskopinë e elektroneve kriogjene , ^{[66] [67]}është proteina përgjegjëse për lejimin e virusit të bashkohet dhe bashkohet me membranën e një qelize pritëse.

––––––––

STRUKTURA E NJË VIRIONI SARSr-CoV

––––––––

SARS-COV-2 HOMOTRIMER ME ERËZA ME një njësi proteine ​​të theksuar; domeni lidhës ACE2 është në magjen

––––––––

EKSPERIMENTET E MODELIMIT të proteinave mbi proteinën e pikut të virusit së shpejti sugjeruan që SARS-CoV-2 ka afinitet të mjaftueshëm me enzimën 2 konvertuese të angiotenzinës të receptorit në qelizat njerëzore për t'i përdorur ato si një mekanizëm i hyrjes në qelizë . ^[68]Deri më 22 janar 2020, një grup në Kinë që punonte me gjenomin e plotë të virusit dhe një grup në Shtetet e Bashkuara duke përdorur metoda të kundërta të gjenetikës në mënyrë të pavarur dhe eksperimentale demonstruan se ACE2 mund të vepronte si receptori për SARS-CoV-2. ^{[69] [70] [71]}Studimet kanë treguar që SARS-CoV-2 ka një prirje më të lartë ndaj ACE2 njerëzore sesa lloji origjinal i virusit SARS. ^{[66] [72]}SARS-CoV-2 gjithashtu mund të përdorë baziginë për të ndihmuar në hyrjen e qelizave. ^[73]

Mikrografët elektronikë të kolorizuar digjitale të virioneve SARS-CoV-2 (të verdha) që dalin nga qelizat njerëzore të kulturuara në një laborator

PËRGATITJA FILLESTARE e proteinave të pikut nga proteaza transmembrane, serina 2 (TMPRSS2) është thelbësore për hyrjen e SARS-CoV-2. Pas SARS-cov-2 virion jep për një qelizë të synuar, e qelizës proteazës ndërprerje TMPRSS2 hapur proteina gozhdë e virusit, duke ekspozuar nje peptid fuzioni . Virioni lëshon më pas ARN-në në qelizë, duke detyruar qelizën të prodhojë kopje të virusit që shpërndahen për të infektuar më shumë qeliza. ^{[74][Burimimëimirëinevojshëm]}SARS-CoV-2 prodhon të paktën tre faktorë virulence që promovojnë derdhjen e virioneve të reja nga qelizat pritëse dhe pengojnë reagimin imunitar . ^[65]

––––––––

EPIDEMIOLOGJI

––––––––

BAZUAR NË NDRYSHUESHMËRINË e ulët të ekspozuar midis sekuencave të njohura gjenomike SARS-CoV-2 , tendosja mendohet se është zbuluar nga autoritetet shëndetësore brenda disa javësh nga shfaqja e saj në mesin e popullatës njerëzore në fund të vitit 2019. Rasti më i hershëm i infeksionit të njohur aktualisht mendohet se janë gjetur në 17 nëntor 2019. ^[76]Virusi u përhap më pas në të gjitha provincat e Kinës dhe në më shumë se 150 vende të tjera në Azi, Evropë, Amerikën e Veriut, Amerikën e Jugut, Afrikë dhe Oqeaninë. ^[77]Transmetimi nga virusi njeriu në njeri është konfirmuar në të gjitha këto rajone. ^[78]Më 30 Janar 2020, SARS-CoV-2 u caktua një Urgjencë e Shëndetit Publik të Brengave Ndërkombëtare nga OBSH, ^{[9] [79]}dhe më 11 mars 2020 OBSH e shpalli atë një pandemi . ^[80]

MIKROGRAFIA E VIRIONEVE SARS-CoV-2 (e kuqe) e izoluar nga një pacient gjatë pandemisë koronavirus 2019-20

Numri bazë i riprodhimit ( R0 ) i virusit është vlerësuar të jetë midis 1.4 dhe 3.9. Kjo do të thotë që çdo infeksion nga virusi pritet të rezultojë me 1.4 deri 3.9 infeksione të reja, kur asnjë anëtar i komunitetit nuk është imun dhe nuk merren masa parandaluese . Numri i riprodhimit mund të jetë më i lartë në kushte të dendura me popullsi siç janë ato që gjenden në anijet e lundrimit . ^[83]Shumë forma të përpjekjeve parandaluese mund të përdoren në rrethana specifike me qëllim të zvogëlimit të përhapjes së virusit.

Ka pasur rreth 82,000 raste të konfirmuara të infeksionit në Kinë kontinent. ^[77]Ndërsa përqindja e infeksioneve që rezultojnë në raste të konfirmuara ose përparim të sëmundjes së diagnostikueshme mbetet e paqartë, ^[84]një model matematikor vlerësoi se më 25 janar 75.815 njerëz ishin infektuar vetëm në Wuhan, në një kohë kur numri i rasteve të konfirmuara në të gjithë botën. ishte vetëm 2,015. ^{[85] [86]}Para 24 shkurtit, mbi 95% të të gjitha vdekjeve nga COVID-19 në të gjithë botën kishin ndodhur në provincën Hubei , ku ndodhet Wuhan. ^{[87] [88]}Që nga 7 Prilli 2020, përqindja ishte ulur në 4.0%. ^[77]

Që nga 7 Prilli 2020, ka pasur 1,407,123 raste të konfirmuara totale të infeksionit SARS-CoV-2 në pandeminë në vazhdim. ^[77]Numri i përgjithshëm i vdekjeve që i atribuohen virusit është 81,103. ^[77]Ka 298.352 persona që janë shëruar nga infeksionet e konfirmuara, që do të thotë se ka 1,027,668 raste aktive. ^[77]